Kernstück des Verkehrssicherungssystems sind die „Ampeln“ an den Ausweichstellen, die genau festlegen, welche Schiffe in diesen Verbreiterungen des Kanals warten und welche passieren dürfen. Sie werden von den Schiffslenkungsstellen in Holtenau und Brunsbüttel gesteuert und über Funk stehen alle Kapitäne mit diesen beiden Stellen immer in Verbindung.

Es gibt sechs Verkehrsgruppen, die sich nach Größe des Schiffes und seiner Ladung richten. So dürfen Tanker immer nur an einer der 12 Weichen passiert werden, wegen ihrer gefährlichen Fracht.

Natürlich müssen alle Schiffe ab einer bestimmten Größe einen Kanal-Lotsen an Bord nehmen, der den Kanal wie seine Westentasche kennt und somit dem Kapitän mit Rat und Tat zur Seite steht. Dennoch kann es hin und wieder passieren, dass ein Schiff aus technischen oder sonstigen Gründen „aus dem Ruder läuft“ und mit dem Ufer oder einem entgegenkommenden Schiff kollidiert. Zum Glück ist dies bisher selten passiert.

Die Durchfahrt durch den Kanal ist natürlich nicht umsonst, doch immer noch wesentlich billiger, als durchs Skagerak zu fahren. So muss z. B. die „Norwegian Dream“ für eine Durchfahrt c.a.  7500 € zahlen. Dennoch ist der Nord-Ostsee-Kanal kein gewinnträchtiges Unternehmen, sondern kostet dem Steuerzahler jährlich Millionen.

Die Höchstgrenzen für Schiffe, die durch den Kanal fahren dürfen liegen bei 235 m Länge, 32,50 m Breite, 9,50 m Tiefgang und 40 m Höhe. Die „Norwegian Dream“ darf mit ihren 232,50 m also gerade noch durch und ist somit auch das größte Schiff, das den Kanal passiert. Bei manchen Schiffen werden Antennen oder der Schornstein “umgelegt“ um die Brücken passieren zu können. Ähnliches trifft übrigens auch für die „Gorch Fock“, dem Schulschiff der Bundesmarine zu, die z.B. die Masten „kappen“ muss, wenn sie durch den Kanal fahren will.